がじぇるねボードのジャンパの説明は下記のとおりです。

• J1 USB→5V電源への逆流防止ダイオードをバイパスする
  　　(ダイオードによる電圧降下がなくなるが、逆流の危険あり)
  
• J2 Arduino互換端子への5Vの接続を行う
  
• J3 Arduino互換端子のVIN(高電圧)と、GRボードのV50を接続する(危険)
  
• J4 アナログ電源AVCCとデジタル電源VCCを切り離すときにカットする
  　　(デフォルトではショート)
  
• J5 PC7端子。ブートモードでSCIブートにしたいときにショートする。
  
• J6 MD端子。ブートモードにしたいときにショートする。
  　　(ただし、下のスライドスイッチがあるので、この端子を使うことはほとんどない)
  
• J7 XBeeのDOutをつなぐ
  
• J8 XBeeのDIｎをつなぐ
  
• J9 XBeeのRESETをつなぐ
  
• J10 XBeeのRTSをつなぐ
  
• J11 XBeeのCTSをつなぐ
  
• J12 USBホスト用のプルダウン抵抗をCPUからコントロールしたい場合につなぐ
  
• J13 USBホスト用のプルダウン抵抗を常時プルダウンしたい場合につなぐ
  
• J14 USBホスト用のプルダウン抵抗をCPUからコントロールしたい場合につなぐ
  
• J15 USBホスト用のプルダウン抵抗を常時プルダウンしたい場合につなぐ
  　　　(J12～J15は通常はオープンで構わない)
  
• J16 XBeeの電源をボード上の3.3Vにつなぐ
  　　　(XBee Wifiではリセット時に電流を大量に消費してボードが不安定になる。別電源に切り離したいときにオープンにして、XBeeのV33に直接外部電源を供給するとよい)
  
• J17 Arduino互換端子のRESET(CN14の端)と、システムのリセット信号をつなぐ。Arduinoシールドが5V振幅のリセットを出してくると、ボードにダメージを与えてしまうため、デフォルトでは接続されていない。シールドが出すリセット信号が3.3V振幅、または、オープンドレイン仕様である場合にのみ接続してよい。
  

です。

基本的には、使い始める際には、ジャンパの変更は必要ありません。

以下のような場合にのみジャンパを設定してください。

・XBeeを使いたい→J7,J8,J9,J10,J11,J16をつなぐ
・USB OTGの実験をしたい→J12,J14をつなぐ
・常時USBホストモードにしたい→J13,J15をつなぐ (USBファンクションもOK)
・Arduinoシールドをのせて、シールドに5Vを供給したい→J2をつなぐ